[데일리한국 김언한 기자] 삼성SDS가 1490억원대 법인세 부과 처분을 취소해달라며 세무 당국을 상대로 낸 소송 2심에서 승소했다.

20일 법원에 따르면 서울고법 행정1-1부(심준보 김종호 이승한 부장판사)는 삼성SDS가 잠실세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소 소송을 1심과 달리 최근 원고 승소로 판결했다.

삼성SDS는 2010년 삼성네트웍스와 흡수합병 계약을 체결했다. 삼성SDS는 이와 관련해 삼성네트웍스 주주들에게 신주와 합병교부금 총 9045억원을 지급했다. 삼성네트웍스의 순자산 가액은 3214억원이었다.

삼성SDS는 주주들에게 지급한 비용과 취득한 순자산 가액의 차이 5831억원 가운데 1656억원만 '무형자산'으로서 합병에 따른 이익에 산입했다. 나머지 4174억원은 회계상 '영업권'으로 손금 산입을 유보했다.

하지만 과세 당국은 삼성SDS가 영업권으로 계상한 4174억원 역시 합병으로 인한 이익에 해당한다고 판단했다. 이와 관련해 2016년 법인세와 가산세 총 1490억3000여만원을 부과했다. 

삼성SDS는 과세에 불복해 청구한 심사가 감사원에서 기각되자 2019년 "회계기준에 따라 장부에 계상한 영업권이 세법상 영업권이라고 볼 수 없다"며 세무서를 상대로 소송을 냈다.

1심은 사건 영업권은 합병 법인인 원고가 피합병 법인인 삼성네트웍스의 무형자산에 대한 사업상 가치를 평가해 그 대가를 지급한 것이라며 법인세 부과가 정당하다고 판단했다.

반면 항소심 재판부는 "이 사건 영업권은 원고가 사업상 가치를 평가해 대가를 지급한 것이라 단정하기 어렵다"며 "영업권 가액 4천174억원을 합병 평가 차익으로 보고 익금에 산입해 법인세를 계산한 처분은 위법"이라고 판단했다.

항소심 재판부는 "두 회사의 합병은 원고와 삼성네트웍스의 상호 역량을 보완해 대외경쟁력을 강화하고 경영 효율성을 제고하는 등 동반 상승효과를 극대화해 기업가치를 높이기 위한 것"이라고 했다.